Pour un biologiste, la notion d’adaptation s’applique principalement à un organisme entier. Elle fait intervenir la fécondité, la fertilité, ainsi que d’autres facteurs contribuant à la pérennité d’une espèce. La fréquence des variantes génotypiques d’un organisme dans une population, la densité des différents génotypes dans une région, et même l’écosystème entier avec lequel chaque organisme interagit contribuent à la notion d’adaptation. Dans ce contexte général, il est difficile d’assigner une valeur adaptative à un gène, voire même à un génotype, car l’adaptation dépend des relations entre les organismes d’une population et du milieu dans lequel ils vivent. Mais il est possible de restreindre la notion d’adaptation en considérant n’importe quelle propriété bien définie et sa distribution parmi un ensemble.